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A.请柬；军事

B.合同；火炮

C.文件；导弹

D.文书；能源

正确答案：C

【解析】分别将选项代入题干，确定逻辑关系。
A项：“公函”是正式的或官方的书信，“请柬”是为了邀请客人参加某项活动而发的礼仪性书信，二者之间无明显逻辑关系，“军事”是与军队或战争有关的事务、事情，“武器”是“军事”范围内的，二者是包容关系，前后逻辑关系不一致，排除；
B项：“公函”和“合同”无明显逻辑关系，“火炮”是一种“武器”，二者属于种属关系，前后逻辑关系不一致，排除；
C项：“公函”是一种“文件”，“导弹”是一种“武器”，二者属于种属关系，前后逻辑关系一致，符合；
D项：“公函”是一种“文书”，二者属于种属关系，“武器”和“能源”之间没有明显的逻辑关系，前后逻辑关系不一致，排除。
因此，选择C选项。