马克思主义哲学是整个马克思主义理论的：
A.主要内容
B.理论基础
C.核心部分
D.实质和灵魂
解析
第一步，本题考查哲学知识。
第二步，马克思主义理论的内容包括马克思主义哲学、马克思主义政治经济学和科学社会主义。马克思主义哲学是马克思主义全部学说的理论基础，马克思主义政治经济学是马克思主义哲学的运用与证明，也是马克思主义理论的主要内容，科学社会主义既是马克思主义哲学和政治经济学的运用，又是马克思主义哲学和政治经济学的落脚点，而且居于马克思主义理论体系核心和顶端。所以，马克思主义哲学是整个马克思主义理论的理论基础。B项符合题意，当选。
因此，选择B选项。
拓展
A项：马克思主义理论的主要内容是马克思主义政治经济学，而不是马克思主义哲学。A项不符合题意，因此不当选。
C项：马克思主义理论的核心部分是科学社会主义，而不是马克思主义哲学。C项不符合题意，因此不当选。
D项：列宁在《共产主义》一文中指出：“马克思主义的最本质的东西、马克思主义的活的灵魂：具体地分析具体的情况。”所以，马克思主义理论的实质和灵魂是具体问题具体分析。D项不符合题意，因此不当选。
