出入境边防检查总站一般下设6个部门和1个直属机构：

　　部门设置：办公室;政治处;后勤处;督察处;业务处(边检处);技术处;部分出入境边防检查总站会把纪检工作和督查工作分开，另设纪委办公室，具体部门名称设置各出入境边防检查总站会略有不同，但工作职责大体相同。

　　直属机构的设置：直属机构下设部门各出入境边防检查总站不尽相同，如天津出入境边防检查总站下设轮训大队和警务保障中心;上海出入境边防检查总站直属机构下设培训中心、服务中心和遣返审查所。

　　岗位职能：

　　办公室：为总站机关行政管理机构，负责文秘、法制、外事、档案、综合信息等工作。

　　政治处：为党委办事机构，负责党团组织建设、人事、宣传、教育等工作。

　　督察处：负责纪律检查和行政监察工作。

　　后勤处：负责财务、装备管理等后勤保障工作。

　　业务处(边检处)：负责具体指导总站下属单位开展边检业务工作。

　　技术处：负责技术保障工作。

　　出入境边防检查总站下辖设正处级边检站一般情况下设1站长1政治委员，边检站数量的设置视辖区的具体情况而定。如天津地区下属8个边检站，上海地区下属9个边检站。